Было создано 19 мая 2000 года в соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан № 766 «О создании Республиканского казенного предприятия «Национальный научно-практический центр физической культуры» Министерства образования и науки Республики Казахстан.

03.04.2018 года Приказом Министра образования и науки Республики Казахстан № 130 была проведена передислокация Национального центра из города Алматы в город Астану.