Было создано 19 мая 2000 года, в соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан № 766 «О создании Республиканского казенного предприятия «Национальный научно-практический центр физической культуры» Министерства образования и науки Республики Казахстан.
Проведена передислокация Национального центра из города Алматы в город Астану Приказом Министра образования и науки Республики Казахстан от 03.04.2018 года №130.